Nell'anno scolastico 1989/1990 vengono aggregate le scuole medie di Paganico, Campagnatico e Cinigiano.
 

L'IC “Federigo Tozzi” di Civitella Paganico è stato istituito nel 1997 a seguito della riorganizzazione della Rete scolastica: Decreto 6833 del 25 marzo 1997, che aggrega la Scuola media "Federigo Tozzi" alla Direzione didattica di Paganico. Nasce in questa data l'Istituto Comprensivo.

Nell'anno scolastico 2023/24 sono state aggregate anche tutte le scuole del Primo ciclo del comune di Scansano.

L’Istituto Comprensivo Civitella Paganico si articola ora in 17 plessi, per tutte le scuole di ogni ordine e grado. La sede centrale dell’Istituto si trova a Paganico.
Il contesto in cui opera la scuola è quello di una realtà in veloce trasformazione, dove la diffusione di linguaggi digitali, dei mezzi telematici ed informatici, l'accentuarsi delle situazioni di natura multiculturale sono tutti fattori che stimolano sollecitazioni educative alle quali la scuola risponde adeguatamente.